Dos años y medio despues de que Naruto dejara la aldea de Konoha para entrenar con su maestro Jiraiya, este regresa a la aldea y se reencuentra con sus amigos. La aldea ha cambiado mucho, incluyendo sus ninjas, Naruto se da cuenta de que todos ya han pasado el examen Chunnin, incluso Neji, Temari y Kankuro son Jounin y ahora Gaara es el Kazekage de la aldea de la Arena.
Sakura por su parte se ha comvertido en la alumna de Tsunade y ha alcanzado niveles muy altos en su Jutsu medico y en su fuerza bruta.

En esta parte de la historia, Akatsuki por fin comienza a mover los hilos de su organización, intentando capturar a todos los Jinchurikis (Las personas que tienen sellados en sus cuerpos las almas de los mitologicos demonios) y de esta forma extraer asi los Bijus (los demonios mitologicos) para sus planes.
Naruto corre grabe peligro ya que el es el Jinchuriki de 9 colas y Akatsiki anda tras el, pero todos en la aldea ven a un Naruto mucho mas maduro y mas poderoso, lo que les da confianza, aun Akatsuki sabe que enfrentarce a Naruto es un riesgo a tomar.
Tambien hace su aparicion Sasuke, quien con tal de tener el poder suficiente para vengarce de Itachi, ha alcanzado niveles muy altos como ninja, incluso ha desarrollado algunos ninjutsus prohibidos.

La serie esta llena de accion, desde el primer capitulo, y es en esta serie donde todas las preguntas se comienzan a responder y algunas cosas ocurridas en "Naruto" empiezan a tener sentido.